Заснована в 1958 році наукова бібліотека, основу книжкового фонду якої склали видання передані Володимиром Андрійовичем Балютою, в останній час значно збільшилась.
Бібліотечний фонд нараховує 6700 примірників. Серед них книги, періодичні видання, відбитки статей. У фонді представлена література з біологічних наук, теоретичної і прикладної ботаніки, флористики, інтродукції рослин, дендрології, лісівництва, квітникарства, ландшафтного дизайну, систематики, зоології та багато інших.
Щороку Управління з питань екології Запорізької міської ради виділяє кошти на поповнення книжкового фонду.
Передплачується велика кількість спеціалізованих періодичних видань: журнали "Квітникарство", "Квіти України", "Магія рослин", "Мой прекрасный сад", "Дім, сад, город", "Паросток", "Пізнайко", "Юний натураліст", "Ландшафтний дизайн", "Цветы", "В мире растений". На допомогу в організації навчально-виховної роботи здійснюється передплата на газети і журнали : "Директор школи", "Позашкілля", "Завуч школи", збірники "Директор школи, ліцею, гімназії", "Шкільний світ", "Позакласний час".
Фонд бібліотеки поповнюється також завдяки виданням, що були подаровані іншими ботанічними садами, з якими співпрацює Запорізький міський дитячий ботанічний сад, а це: ботанічний сад Дніпропетровського національного університету, ботанічний сад Донецького національного університету, Криворізький ботанічний сад, Національний ботанічний сад імені М.М. Гришка, дендропарк "Софіївка", дендропарк "Тростянець", Нікитський ботанічний сад, ботанічний сад Харьківського національного університету, ботанічний сад імені академіка О.В. Фоміна, ботанічний сад Полтавського національного університету, ботанічний сад Одеського національного університету, ботанічний сад Львівського національного університету.
