У насіннєвій лабораторії, яку очолює Шалімов Ігор Валерійович, зберігається насіннєвий фонд колекцій рослин ботанічного саду, який щорічно поновлюється і поповнюється. Запорізький міський дитячій ботанічний сад веде активну роботу по обміну насінням з іншими ботанічними закладами України і зарубіжжя.
Основний напрямок роботи лабораторії - відновлення та збереження колекції рідкісних та зникаючих видів світової та місцевої флори, збереження колекційного фонду ботанічного саду. В лабораторії є колекція корисних і лікарських рослин, а також рослини природної флори і малопоширені декоративні багаторічники.
У ботанічному саду займаються збором насіння рослин, що занесенні до Червоної книги Європи. Це такі рідкісні види, як мачок жовтий, дзвоники карпатські, сон чорніючий, цикламен Кузнєцова, чемерник чорний та абхазький.
Мачок жовтий (Glaucium flavum) - дворічна або багаторічна рослина родини макових. Вона має сизе листя і досить великі жовті квіти. В Україні цю рослину можна зустріти тільки на Південному березі Криму. Зараз відбувається активне господарське освоєння узбережжя Чорного моря і мачок жовтий дуже швидко знищується в місцях свого існування.
Дзвоники карпатські (Campanula carpatica) - багаторічна невисока декоративна рослина, що цвіте гарними великими блакитними квітками. У природі росте на скелях у субальпійському поясі. Релікт міоценово-пліоценової епохи.
Роговик Біберштейна (Cerastium biebersteini) - цінна декоративна рослина, яка росте на кам'янистих місцях, гірських схилах, скелях утворюючи своїми квітами чудовий білий килим. Останнім часом ареал роговика значно скоротився через інтенсивну господарську діяльність і збільшення рекреаційних навантажень.
В колекціях ботанічного саду вирощується багато лікарських рослин.
Природа подарувала нам дивовижну за своїми можливостями живу аптеку під назвою флора. Протягом багатьох століть цілителі лікували людей за допомогою лікарських рослин. Але й з розвитком науки і медицини людство не забуло про ці корисні властивості рослин і на їх основі створюють лікувальні препарати.
До колекції лікарських рослин ботанічного саду входять барвінок малий, бузина чорна, валеріана лікарська, звіробій звичайний, коноплі посівні, лаванда колоскова, льон звичайний, мак дикий, меліса лікарська, подорожник ланцетолистий, розмарин лікарський, ромашка запашна та лікарська, синюха блакитна, фіалка триколірна, шавлія лікарська та багато інших.
Бузина чорна (Sambukus nigra) - кущ з жовтувато-білими пахучими квітами і чорно-фіолетовими ягодами. Лікувальні властивості мають молоді листочки, квітки під час повного цвітіння, кора і навіть ягоди. А ось листки і незрілі плоди - отруйні.
Валеріана лікарська (Valeriana officinalis) - багаторічна трав'яниста рослина кореневища якої мають своєрідний запах, який принаджує котів. Квіти валеріани дрібні та пахучі, рожеві, або білі. Лікувальними є дворічні кореневища і корені, які збирають рано на весні, або пізно восени.
Коноплі посівні (Cannabis sativa) - дводомна однорічна трав'яниста рослина з жовтими дрібними квітками. Має плід, схожий на горішок, так зване конопляне сім'я. Для приготування ліків влітку збирають квіти і листки, а восени сім'я.
Меліса лікарська (Melissa officinalis) - це багаторічна трав'яниста рослина яка при розтиранні пахне цитриною. Квіти у меліси блідо-рожеві або білі. Лікарські властивості мають листки і верхні пагони які збирають під час цвітіння і швидко сушать.
Є в насіннєвій лабораторії також колекція рослин, рідкісних для Запорізької області. Серед них тис ягідний, гінкго дволопостевий, магнолія кобус, магнолія зірчаста та інші.
Тис ягідний (Taxus baccata) - хвойне дерево або кущ з дуже повільним ростом. Хвоя у тиса ягідного отруйна, а плоди, які з'являються восени їстівні. Чисельність цих рослин швидко скорочується через вирубування у минулому заради цінної деревини.
У перспективі насіннєва лабораторія більш активно займатиметься вивченням біолого-економічних властивостей рідкісних і зникаючих видів рослин для подальшого їх введення у культуру або повернення в природне середовище.
